Ebenso wie beim Vorgängermodell treten auch beim VW T6 gehäuft Motorschäden auf. Bereits bei Laufleistungen von weniger als 50.000 km kommt es nicht selten zu schwerwiegenden Schäden. Der VW T6 stellt keine komplette Neuentwicklung dar, sondern ist im Prinzip nur ein umfangreiches Facelift des VW T5. Aus diesem Grund und auch wegen des Einsatzes gleicher oder bauähnlicher Motoren, gibt es mit dem Antrieb ähnliche umfangreiche Probleme, wie beim T5.Die meisten VW T6 werden mit einem Dieselmotor geordert. Die Turbo-Benziner spielen, aufgrund ihrer hohen Alltags Verbräuche, von bis zu 12 Litern100 km, nur eine untergeordnete Rolle.Bei nicht wenigen VW T6 Exemplaren gibt es Probleme mit dem AGR Ventilen und den Drucksensoren, die dann häufig für das Liegenbleiben der Fahrzeuge sorgen. Auch undichte Saugrohre treten bei den Diesel Motoren gehäuft auf und werden dem Fahrer dann durch das Aufleuchten der Motorkontrolllampe signalisiert. Weiterhin verursachen auch undichte Druckschläuche und defekte Pumpen kapitale Motorschäden. Wie bei allen aufgeladenen Motoren, kommt es, besonders bei höheren Laufleistungen, auch nicht selten zu Schäden am Turbolader.Für die Besitzer solcher Fahrzeuge ist es besonders ärgerlich, dass auch besonders junge Exemplare, die oft nur knapp über zwei Jahre alt sind, von solchen Problemen betroffen sind. Treten die Motorschäden nach Ablauf der zweijährigen Werksgarantie auf, können diese T6-Besitzer, in Bezug auf die Reparaturkosten oder den Einbau eines Austauschmotors, nur noch auf die Kulanz von Volkswagen hoffen. Bereits beim Kauf ist daher der Abschluss einer Garantieverlängerung eine sehr sinnvolle Option, die den zukünftigen Besitzer vor hohen Reparaturkosten schützen kann. Auch abseits von Motorschäden bemängeln zahlreiche T6-Besitzer, besonders bei den Diesel-Aggregaten eine unzureichende Laufkultur, die sich unter anderem in einem hörbaren knurrenden Geräusch äußert. Die Ursache hierfür dürfte in der geänderten Abgasbehandlung liegen, denn die Motoren im aktuellen Modell erfüllen nun alle die Euro 6 Norm.

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